閻雲自2011年回任母校，即在教學、研究、產學、人才培育、國際化方面扎根，積極延攬頂尖人才、整合學術資源、加強國際合作、提昇教研產學能量、充實核心實驗設施，以儘速邁入國際一流醫學大學。北醫大於2014年已榮登英國高等教育調查機構（QS）亞洲大學46名，排名為全國私立大學之首；在醫學領域的排名為前100大，在臺灣排名僅次於國立臺灣大學；藥學與藥理領域的排名為前200大。
▓在延攬頂尖人才方面
延聘美國籍藍亭（Lane Timothy Joseph）教授擔任人文暨社會學院院長，法國籍白台瑞教授（Thierry Burnouf）擔任生醫材料暨工程研究所所長，開創本校建校以來外籍主管的先河外，還有來自德國、瑞典、印度的學者。
同時聘請了十餘位院士擔任要職、講座教授或計畫主持人，如：王惠鈞（董事）、王寬、吳成文（前董事長）、張文昌（董事長）、莊德茂、彭汪嘉康（臺北癌症醫院院長）、曾志朗、黃進興、葉篤行、劉昉（副校長）、鄭永齊、鍾正明、羅浩、龔行健院士等，透過他們在學術研究上的領航，帶動北醫大在教學與研究的潛能，與國際學術無縫接軌。
【圖：人文暨社會學院院長藍亭教授（左圖）與生醫材料暨工程研究所所長白台瑞教授（右圖），都開創了北醫大建校以來外籍主管的先河】
▓在整合學術資源方面：
本校積極推動磨課師（MOOCs）課程，計已上架中藥概論、醫學資訊學、臨床藥學、食安專題、居家照顧與技巧、健康照護網路社群、肺部復健等14課程，上架平臺包括；Proea、UPS、ewant、ShareCourse、iTunesU、OpenEdX、My2TMU。其中《中藥概論》為Ewant平臺上最受歡迎的課程之一，選課人數超過上千人。
北醫大已連續10年通過教育部「獎勵大專校院教學卓越計畫」，獲得補助高達6.7億元。103學年起更創新開辦「1+2+2」的「生技醫療產業研發博士學位學程」，採5年制碩博一貫修業方式，學生還可以用專利、技術報告來取代研究論文，順利取得博士學位。【圖：北醫大於2014年8月率先全國推出《中藥概論》免費網路磨課師課程，並成為Ewant平臺上最受歡迎的課程之一】
▓在國際合作方面：
本校通過教育部核准，與美國南加州大學工程學院合辦「奈米醫學工程研究所」，預計自2016年招收境外生。目前已與國外11所著名大學簽訂碩、博雙聯學位，包括英國丹迪大學、赫爾大學，澳洲臥龍岡大學，美國南新罕布夏大學、芬利大學、南加州大學，法國里爾第二大學，丹麥奧胡斯大學，日本北海道醫療大學，泰國國王科技大學及以色列班古里昂大學等；而北醫大的國際合作盟校跨越5大洲，已有130餘所。【圖：閻雲校長（中）、郭乃文國際長（左1）及歐耿良教授（右1）於2014年11月赴南加大工學院簽訂合約】
▓在提昇教研產學能量方面：
北醫大於2014年6月以「癌症轉譯研究中心」首度通過教育部「邁向頂尖大學計畫」，躋身為國內頂尖研究大學之林。同時，劉景平教授團隊發表抗癌標靶新藥MPT0E028，並獲臺北市政府頒發「2014年臺北生技獎產學合作獎金獎」，也是我國第一個由大學自行研發、通過美國FDA人體臨床試驗許可的本土新藥。
同年12月，歐耿良教授團隊以「3D生物列印平臺技術」獲得鑽石生技投資5億元新台幣，於成立「三鼎生物科技」（3D Global Biotech Inc.），是臺灣第一家以細胞、組織進行臨床3D列印應用的高階醫材公司。2015年2月劉昉與黃昭蓮教授團隊以「免疫療法技術」專利，獲電子大廠力晶集團投資5億新台幣，成立「智合生醫科學股份有限公司」。【圖：三鼎生物科技在第11屆國家新創獎頒獎典禮上舉辦揭牌儀式，北醫大由歐耿良教授（左2）代表（社團法人國家生技醫療產業策進會提供】
▓在核心實驗設施方面：
自2012年起迄今以學校預算及教育部校務獎勵及補助經費，已添置了飛行時間二次離子質譜儀、300 MHz核磁共振儀、新一代定序系統、基質輔助雷射脫附離子化串聯式質譜儀、穿透式電子顯微鏡、小動物電腦斷層掃描儀、超薄切片機、去迴旋積螢光顯微鏡、掃描式電子顯微鏡等價值近8千5百萬元的多項核心設施。另外，將投入5千萬元採購動物（7T）磁振造影儀 、微流體細胞篩選分析系統、超薄切片機升級超低溫冷凍裝置、類流式固態組織細胞儀等，確實大幅提升了本校的研究能量。【圖：去迴旋積螢光顯微鏡以固態光源及LED燈作為螢光與穿透光之光源】
