資訊處建置了「TCGA臨床資料檢索與篩選平臺」,並提供整合分析服務

全世界生物醫學領域目前正在積極投入的精準醫療,除了運用病患描述症狀及傳統常規檢查(如X光、血液檢查等)外,再加上生物醫學檢測,如基因、蛋白質與代謝檢測、過去與家族病史等,再透過與人體基因資料庫進行比對與分析,找出最適合病患的治療方法與藥物。

癌症基因體圖譜(The Cancer Genome Atlas, TCGA)是個癌症基因體資料庫,已收集26種不同組織、33種癌症,超過11,000名病患的臨床、基因體與轉錄體資料,並提供全世界生醫學者進行相關研究與比對分析。

資訊處為推動精準醫療發展,提升學術研究能量,如找尋早期診斷因子、建立預後預測模組、預測治療藥物等,藉由TCGA所蒐集的特定癌症病患的相關臨床記錄、腫瘤組織及相對應正常組織的定序與相關檢測資料,建置了TCGA臨床資料檢索與篩選平臺。【左圖:資訊處舉辦實作課程宣導】

此平臺包含了病患性別、年齡與過去及家族病史等基本資料,及放射治療、用藥紀錄、癌症分期、病情追蹤、新癌症生成與其他等,共計超過400項臨床資訊,經由篩選與檢索後,除可取得特定臨床資料群組的基因體與轉錄體資料外;另提供IPA、CLC genomics workbench等相關軟體進行後續分析。IPA可預測生物途徑表現、檢索癌症相關基因與進行基因間交互作用分析等,CLC genomics workbench可進行定序資料分析,基因表現差異與基因突變分析等。【右圖:研究資訊組協作進行整合分析的資料頁面】

即日起由本處研究資訊組提供協作進行存活性分析與基因表現差異等整合分析服務。若想了解生物資訊軟體或TCGA資料概況,歡迎與資訊處研究資訊組聯繫。TCGA資料申請使用參考連結 http://oit.tmu.edu.tw/files/11-1002-580-1.php(文/資訊處研究資訊組)【下圖:資訊處於2017年12月1日舉辦癌症基因體圖譜計畫資料簡介與案例實作課程】

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